ピロリ菌は正式名称を「ヘリコバクターピロリ」といいます。大きさ4/1000ミリ程度のらせん状の細菌で、鞭毛（べんもう）と呼ばれる糸状の突起があり、経口感染によって胃の粘膜に棲みつくと考えられています。胃には強い酸（胃酸）があるため、通常、細菌は生息できませんが、ピロリ菌はウレアーゼという酵素を分泌し、周囲にアルカリ性のアンモニアを作り出すことで胃酸を中和しながら生存しています。

大腸の管の内側表面は粘膜でできており、この粘膜の最も浅い層の一部がイボのように隆起してできたものを大腸ポリープといいます。多くは隆起しますが、平坦なものやキノコのように茎を持ったものなど形状は様々です。構造や組織により、腫瘍性ポリープと非腫瘍性ポリープに分けられ、専門的にはさらに細かく分類されています。

炎症性腸疾患（IBD）には、細菌や薬剤などが原因で起こる特異性と、原因がはっきりわからない非特異性があります。感染性腸炎、薬剤性腸炎、虚血性腸炎、腸結核などは特異性の炎症性腸疾患で、原因を取り除く治療を行います。一方、非特異性は、明らかな原因はわかっていないものの、近年の医学の進歩によって疾患の仕組みが少しずつ解明されています。